Що робити з гілками дерева сусіда що над моєю земельною ділянкою...

Якщо дерево було раніше а будинок пізніше побудований чи можна вимагати від сусіда щоб зрізав гілки

Можно даже срезать самому если мешают - земельный кодекс Украины

Смотрите правила добрососедства по ЗКУ, можете требовать, чтобы срезал ветки дерева, что находятся над Вашим участком.